STRUKTUR PENGELOLA MA’HAD AL-JAMI’AH UIN KIAI AGENG MUHAMMAD BESARI PONOROGO
| Mudir | : | Dr. Moch. Mukhlas, M.Pd. |
| Sekretaris | : | Arif Shaifudin. M.Pd.I. |
| Pengasuh Putra | : | Ashwab Machasin, M.H. |
| Pengasuh Putri I | : | Kurniawati Safitri, M.E |
| Pengasuh Putri II | : | Siti Mariatul Kiptiyah, M.A |
| Kurikulum | : | Dr. Aftonur Rosyad, M.Ud. |

- Direktur sebagai pemimpin Ma’had mempunyai tugas melaksanakan pendidikan dan pembinaan pemahaman keislaman melalui model pendidikan pesantren di lingkungan akademis.
- Pengasuh bertugas membantu direktur dalam memimpin dan mengkoordinasikan pelaksanaan kegiatan Ma’had.
- Koordinator Kurikulum bertugas membantu direktur dalam memimpin dan mengkoordinasikan pelaksanaan kurikulum.
- Koordinator Bimbingan dan Pengawasan bertugas membantu direktur dalam memimpin, mengkoordinasikan dan melakukan bimbingan dalam proses pembelajaran di Ma’had.
- Koordinator Administrasi membantu direktur dalam memimpin dan mengkoordinasikan pengadministrasian dan pelayanan di Ma’had.